【ゲノム解析実務初級編のクイズに挑戦！】ゲノム解析実務初級編
検定作成者: けい
ゲノム解析に使うソフトやコマンドについての検定
ゲノム解析実務初級編のクイズ
「ゲノム解析実務初級編」に関するクイズを10問出題します。すべての問題に回答すると結果が表示されます。
正解率: 33.3%
1問目:
fastqデータの前処理で使われないソフトは？
TrimmomaticfastpFastqcGATK正解率: 33.3%
2問目:
ロングリード(ONT)のデータの前処理に使うソフトはどれ？
samtoolsFastqcporechopbcl2fastq正解率: 66.7%
3問目:
bamファイルから遺伝子ごとの発現量を算出するソフトは？
featurecountspicardtophattrinity正解率: 66.7%
4問目:
参考文献が無く、製作者のgithubページを引用する必要があるソフトは？
transdecoderTrinityFlyesamtools正解率: 0%
5問目:
RNAseqの発現比較で、R環境で統計解析や可視化を行うソフトはどれか
heatmapDEseq2stringtiemasuruca正解率: 66.7%
6問目:
リードカウントの正規化に用いられる手法はどれか
RPKM/FPKM/TPMBlastngsealefse正解率: 33.3%
7問目:
bwa(BWA-0.7.18 (r1243))のコマンドのうち、参照配列に配列をアラインする際のコマンドはどれ？
bwa indexbwa membwa alnbwa samp正解率: 33.3%
8問目:
ロングリードをアセンブルに使えないソフトはどれ？
unicyclercanuwenganabyss正解率: 33.3%
9問目:
GATKを使ってSNPやindelをコールするときのサブコマンドはどれ？
BaseRecalibratorHaplotypeCallerDepthOfCoverageVariantFiltration正解率: 33.3%
10問目:
scRNAseq解析において一般的に使われないソフトは？
SeuratCell rangerSTARscanpyどれも使われているこのクイズを受けた方におすすめのクイズです。ぜひ挑戦してみてください。